En sus orígenes, la Iglesia de Santa Engracia fue un monasterio simbólico de la ciudad. En él se conservaban los restos de Santa Engracia y de los mártires cristianos que fueron perseguidos por el gobernador Publio Daciano en el periodo romano.
El monasterio acabó siendo demolido, conservando solo el retablo renacentista delantero, obra de Gil Morlanes. Entre 1891 y 1899 se construyó la Iglesia que hoy en día sigue en pie. Es un templo de nave única con capillas entre los contrafuertes y una cripta bajo el altar mayor.